La primera Iglesia Católica que existió en San Sebastián del Pepino se levantó en el mismo terreno que ocupa la actual en 1759, siete años después de que, por Decreto Real, a este acogedor y pintoresco poblado de la región Oeste de Puerto Rico se le reconociera categoría de municipio (1752). Entonces era un ranchón largo construido con tablas brutas, cobija de tejamaní y teja vana de barro. No tenía atrio y contaba con una sóla campana. Desde el principio se puso bajo la advocación del glorioso mártir francoitaliano San Sebastián (256-288).
Su primer párroco fue el Padre José Feliciano González, quien comenzó a ejercer como tal en 1763. La primera gestión de éste fue poner en orden los registros de bautismos, matrimonios, confirmaciones y defunciones. Datos que se conservan desde entonces revelan que 87 ciudadanos recibieron el sacramento de la Confirmación por primera vez en la Parroquia del Pepino los días 13 y 14 de diciembre de aquel año. También que, en ocasión de la Visita Pastoral de Monseñor Caruana, entonces Obispo de Puerto Rico, el 9 de abril de 1824, la cifra de feligrses de esta Iglesia se elevó a más de 4,000 feligreses.
Sin embargo, como es lógico suponer, con el paso del tiempo la estructura de aquella sede se fue deteriorando. Por tanto, tras lograr el consentimiento del Vice Real Patronato y la autorización del Contador de Fábricas de Iglesia, en 1833 se comenzó la construcción de un edificio más sólido y acorde a los tiempos, tarea que culminaría dos años más tarde (1835). Dicha estructura era de mampostería, madera y tejas y contaba con dos torres. Esta nueva Iglesia apenas funcionaría 16 años, pues se hizo imperativo construir la tercera, pues una fuerte descarga eléctrica acontecida el 25 de agosto de 1851 le ocasionó daños tan graves que fue imposible continuar utilizándola. Este tercer intento, bajo la dirección inicial del maestro de obras mallorquín Jaime Puig, fue mucho más ambicioso. La culminación del mismo demoró 46 años, exactamente en 1897, y el resultado es el bello templo que todavía perdura y que, sin duda, tendra prolongada existencia.
Aun así, por distintos motivos ha tenido que ser sometida a reparaciones en varias oportunidades. Particularmente, a partir del terremoto de 1918. Sin embargo, las mismas han sido relativamente pequeñas, siempre con el cuidado de no alterar su estructura. La imagen del mártir San Sebastián colocada en el Altar Mayor fue donada por el español Víctor Martínez y Martínez, mientras que la imagen de la Purísima fue aportada por el Centro Español.
A lo largo de sus más de dos siglos de historia, esta Parroquia ha sido atendida por el clero secular y, muy especialmente, por el célèbre sacerdote José Antonio Aponte Fuentes (n. en Barranquitas, septiembre 21, 1901 ? m. en Vega Alta, abril 1, 1973), popularmente conocido como «El Padre Aponte». También por los curas diocesanos que le sucedieron.
El controversial «Padre Aponte», su párroco desde 1930, se opuso tenazmente a que se abriera una Escuela Superior Pública en el Pepino, pues quería mantener la administrada por la Iglesia.
Cabe señalarse que «El Padre Aponte», personaje muy controversial, había llegado a este pueblo en 1930 y, cinco años después, en 1935, fundó la Academia Santa Rita, localizada donde funcionó la Casa Alcaldía durante varias décadas. Fue la primera institución que operó como Escuela Superior en el Pepino. Como esta era privada y administrada por la Iglesia Católica, aferrado a la defensa de la institución que representaba, aunque ello implicara menoscabar el bienestar de los pobres, se opuso tenazmente al establecimiento de una Escuela Superior Pública, proyecto que era promovido por José Padró Quiles (a la sazón, miembro de la Cámara de Representantes) y el entonces alcalde Juan Evangelista «Nito» Cortés desde 1942. A la postre, «El Padre Aponte» perdería su batalla. La Academia Santa Rita cerró en 1944 y su lugar sería ocupado algún tiempo después por la todavía vigente Escuela Superior Manuel Méndez Liciaga.
La imponente Iglesia Católica del Pepino o Parroquia San Sebastián Mártir estuvo afiliada a la jurisdicciones eclesiásticas de san Juan, Ponce y Arecibo hasta el 30 de abril de 1976 cuando pasó a formar parte de la Diócesis de Mayagüez. Desde una década antes, específicamente a partir del 1 de octubre de 1966, por petición de Monseñor Alfredo Méndez, entonces Obispo de Arecibo, los Religiosos Pasionistas se hicieron cargo de la misma.
Actualmente, la Iglesia cuenta con una amplia casa parroquial, cómoda oficina administrativa y salon para reuniones. Por iniciativa de la señorita Helga Franco y la señora María Luisa Caballero, su Altar Mayor fue restaurado conforme a la renovación litúrgica. A la realización de esta obra contribuyeron miembros de la Asociación de Pepinianos Ausentes bajo el asesoramiento del famoso escultor español Francisco Vázquez Díaz «Compostela» (1898-1988). Hoy cuenta con 16 capillas, alrededor de cien ministros de la comunión que trabajan con gran dedicación llevando el Viático a los enfermos; 28 centros de catequesis; diez grupos juveniles; 90 grupos de Nuevas y Pequeñas Comunidades Cristianas; siete equipos misioneros y varios movimientos apostólicos. Entre ellos, un grupo de cursillistas; nueve de Renovación Carismática y tres Curias de la Legión de María. De acuerdo con el Padre José Ramón Montañez López, “todo esto ha resultado en una gran promoción de los laicos y en el deseo de comprometerse cada vez más con la evangelización”.
Es preciso resaltar el dato de que la Iglesia Católica de San Sebastián del Pepino, junto a la histórica Casa de Doña Bisa ? o María Luisa Rodríguez Rabell ?, también situada frente a la Plaza de Recreo y hoy convertida en el Museo de historia de San Sebastián, constituye uno de los máximos símbolos arquitectónicos del llamado «Valle del Culebrinas».
